在蛋白质组学研究中，鸟枪法（Shotgun Proteomics）因其覆盖范围广、检测能力强，被广泛应用于复杂样本分析。然而，该方法在多样本定量时仍面临重复性差、通量有限、分析效率低等问题。iTRAQ（Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation）和TMT（Tandem Mass Tags）作为等标记定量技术，有效突破了这些限制，显著提升鸟枪法的定量效率与数据质量。

一、鸟枪法的核心挑战

基于DDA（Data-Dependent Acquisition）模式的鸟枪法，依赖质谱仪实时选择高丰度离子进行MS/MS分析，具备良好的蛋白鉴定能力。然而，在多样本定量中仍存在以下局限：

• 批次效应难以控制：每个样本独立进样，LC-MS系统波动易造成定量偏差；
• 通量效率有限：样本数增加将线性提升质谱时间与实验成本；
• 定量误差易于累积：不同样本之间的比值需跨运行计算，导致数据一致性下降。

iTRAQ/TMT通过统一标记和混合进样策略，显著提升了数据的可比性与定量精度，为多样本蛋白质组学研究提供更高效的解决方案。

二、iTRAQ/TMT工作机制：结构决定功能

iTRAQ与TMT均基于等质量标记原理，在一级质谱中被识别为相同质量肽段，二级质谱碎裂后释放出特异性报告离子，实现样本间的相对定量。其定量原理具备以下优势：

• 多重标记能力强：支持4至18个样本同时定量，相较于无标记方法具备更高的样本通量和并行处理能力。
• 共线性检测流程：样本混合后统一进样，显著降低系统误差；
• 报告离子定量模式：提高定量灵敏度，尤其适用于低丰度蛋白的分析。

三、提升定量效率的三个维度

1、提升数据一致性与重复性

通过一次进样完成多个样本的并行检测，iTRAQ/TMT有效避免了逐一样本分析带来的批间差异。大量实验证据表明，该方法的技术重复CV值低于10%，优于无标记定量常见的15%-20%。此外，报告离子的相对强度来自同一质谱周期，减少了由于仪器漂移或信号变化带来的定量误差，提高了定量稳定性。

2、优化实验通量与成本效率

在质谱资源有限的背景下，iTRAQ/TMT通过多样本共进样机制，大幅缩短整体项目周期。例如，将16个样本合并分析所需仪器时间，远低于逐一样本运行的1/16，节省大量分析与排队成本。尤其在临床样本或动物实验中，样本数量多而宝贵，标签法可以最大限度提升实验信息密度和性价比。

3、增强复杂实验设计能力

iTRAQ/TMT允许研究者灵活设计多因子实验，如时间梯度、剂量响应、交叉处理等。其稳定的定量能力使得微小变化亦能准确反映，利于发现潜在的调控机制与关键节点。同时，多通道标签支持内部对照设计，有助于消除系统偏差，提高统计效能，增强结果的生物学解释力。

四、与鸟枪法的协同优势：技术融合的最优解

尽管新一代DIA技术在无标记定量中表现出色，但在多组样本、复杂条件或高重复性要求下，iTRAQ/TMT仍具备不可替代的优势。

※其与鸟枪法的整合，在以下方面形成互补效应：

• 精度与覆盖兼顾：标签法增强定量稳定性，鸟枪法提供高覆盖鉴定；
• 流程标准化：便于大规模队列研究或多中心实验；
• 生物信息整合友好：便于与公共数据库或临床数据对接，推进转化研究。

iTRAQ/TMT通过高通量、低误差、强稳定性的标签策略，有效解决了鸟枪法在多样本定量中的瓶颈问题，是当前蛋白质组定量研究中不可或缺的重要手段。未来，随着标记通道数扩展与质谱技术演进，标签法将继续拓宽其应用边界，为基础研究与临床转化提供更精准的数据支持。百泰派克生物科技将iTRAQ/TMT标记技术与高分辨率Orbitrap平台深度融合，构建标准化、高通量的定量蛋白质组学服务流程。如您正在开展多组学研究，或面临样本批量定量挑战，欢迎联系我们！

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

>>点击了解更多优质服务项目